正因为制曲的祖传秘方与独特工艺，才使得崇阳大曲具有了药香型白酒的重要特征。崇阳大曲采用固态老窖发酵，经泡粮、蒸焖糊化、培菌糖化、窖池发酵、蒸馏取酒五道主要流程。

泡粮

将优质高粱按照先水后粮的原则，水温控制在73℃左右，拌和均匀，浸泡时间约为6-8小时。

蒸焖糊化

将浸泡后的粮食，放冷水漂洗，然后入甑，全甑均匀加热，先用猛火蒸粮，后浸水用微火焖粮，全程约60分钟，至粮食疏松泡气，不粘手，即可出甑。

加曲培菌

蒸好的熟粮出甑摊晾，温度为38℃左右时，第一次将药曲加入熟粮之中；温度为33℃时，第二次下曲，充分混合拌匀然后即可入箱培菌，入箱培菌温度约为25℃，出箱温度约为34℃。培菌时间为冬季25小时，夏季22小时。

入窖发酵

加曲培菌后的粮糟加谷壳和配糟入窖进行发酵，控制入窖温度。发酵期为60天以上，双轮底发酵为120天以上。发酵期间需不定期测试窖内的发酵温度，以确保粮食充分发酵。

蒸馏取酒

发窖期结束，铲去封泥、盖糟，将配糟与酒醅拌匀装甑，轻洒均铺，缓火蒸馏，穿气盖云。平火流酒，猛火追尾，分段量质摘酒。

酒界泰斗秦含章曾诗赞：“蓉城美酒香，首都品崇阳，大曲同小曲，浓香兼药香”。